هتل ۳ ستاره مظفر در سال ۱۲۶۶ (۱۸۸۸میلادی) به دستور مظفر که تاجر بلند آوازه ای بود در شهر تاریخی یزد بنا گردیده است. ساختمان این بنا که ۹۵۰ متر مربع مساحت دارد یکی از منحصر به فرد ترین منازل مسکونی دوره قاجار محسوب میشود، که در محله خلف باغ واقع شده است. هتل مظفر که دارای قدمت ۱۸۰ ساله می باشد در اردیبهشت ۱۳۸۸ کار مرمت آن شروع و بعد از ۱۰ماه کار و تلاش شبانه روزی در پایان اسفندماه ۱۳۸۸ به بهره برداری رسید و افتتاحیه هتل سنتی مظفر در خرداد ۱۳۸۹ رسما برگزار گردید. فضای هتل داری ۱۹ اتاق و مجموعا ۵۰ تخت می باشد که اتاق ها دارای فضای کوچکی بنام بالاخانه، جهت نگهداری اشیا با ارزش و یک انباری می باشد، معماری این ساختمان در نوع خود بی نظیر است و از مصالح خشت و گل استفاده شده است.
این هتل دارای 19 باب اتاق دوتخته و سه تخته می باشد.
این هتل در مرکز شهر واقع شده است و فاصله آن تا فرودگاه و ایستگاه قطار 15 دقیقه است.